در ادامه‌ی ماجراهای تاریک آرتور فلک، کمدین شکست‌خورده‌ای که به جوکر تبدیل شد، او اکنون در بیمارستان روانی آرکهام استیت به‌خاطر جنایت‌هایی که مرتکب شده، زندانی است. در حالی که زمان در دل دیوارهای سرد و خاموش آسایشگاه کش می‌آید، آرتور همچنان در ذهن خود درگیر پرسش‌هایی درباره معنا، هویت و عدالت است. اما زمانی که روان‌پزشک تازه‌ای به نام دکتر هارلین کوئینزل وارد زندگی‌اش می‌شود، همه‌چیز تغییر می‌کند. ارتباطی عجیب و پرکشش میان این دو شکل می‌گیرد؛ از دل جلسات درمانی، علاقه‌ای وسواس‌گونه و بیمارگونه متولد می‌شود که به‌مرور عقل و احساس را در هم می‌آمیزد. هارلین، که ابتدا با نیت درمان آمده، خود به درون آشوب ذهن جوکر کشیده می‌شود. کم‌کم هویت حرفه‌ای‌اش را از دست می‌دهد و به هارلی کوئین تبدیل می‌شود؛ عاشق، هم‌دست و هم‌داستان جنون. فیلم با فضاسازی روان‌پریشانه و ضرباهنگی سرد، روند لغزش تدریجی هارلی را نشان می‌دهد؛ از دلسوزی حرفه‌ای به وابستگی احساسی، و سپس سقوط در دنیایی بی‌قانون که جوکر در آن پادشاه است. دیالوگ‌های فلسفی و صحنه‌های بصری پر تنش، بیننده را میان ترحم، وحشت و حیرت نگه می‌دارد. هارلی و جوکر تصمیم به فرار می‌گیرند، اما این نقشه چیزی فراتر از یک فرار ساده است: آن‌ها می‌خواهند شهر را به صحنه‌ی تئاتری دیوانه‌وار تبدیل کنند. در مسیر، مخاطب شاهد رابطه‌ای بیمارگونه و انفجاری است که میان عشق و جنون، خنده و فاجعه، مرز نمی‌گذارد. فیلم نه تنها بازتابی از خشونت و آشفتگی ذهنی است، بلکه نگاهی به نیاز انسان به توجه، عشق و درک شدن—even اگر از تاریک‌ترین مسیرها باشد.
در این روایت تاریک، آرتور فلک (جوکر) در بیمارستان روانی آرکهام زندانی است تا اینکه با دکتر هارلین کوئینزل، روان‌پزشک تازه‌وارد، آشنا می‌شود. ارتباطی مرموز و عمیق میان آن‌ها شکل می‌گیرد که به‌تدریج دکتر را به هارلی کوئین، شریک جنون جوکر، تبدیل می‌کند. با برنامه‌ای برای فرار و آشوب، این دو وارد رابطه‌ای پرتنش، عاشقانه و خطرناک می‌شوند. فیلم ترکیبی است از روان‌شناسی، درام و خشونت با نگاهی فلسفی به عشق و جنون. «جوکر و هارلی» داستانی است از سقوط، وابستگی و شورش علیه نظم.
