انیمیشن نگهبانان: فصل دوم ادامه‌ای تاریک و پیچیده بر دنیای موازی و ضدقهرمانانه‌ای است که در نسخه نخست معرفی شده بود. داستان در آمریکا و در سال ۱۹۸۵ می‌گذرد؛ جایی که جنگ سرد هنوز ادامه دارد و جهان در آستانه نابودی هسته‌ای قرار دارد. در این بستر پرتنش، گروهی از ابرقهرمانان سابق که سال‌ها پیش بازنشسته شده‌اند، ناگهان دوباره وارد میدان می‌شوند، چرا که یکی از اعضای قدیمی آن‌ها به شکل مرموزی به قتل رسیده است. این اتفاق آن‌ها را وادار می‌کند تا پرده از توطئه‌ای بزرگ‌تر و خطرناک‌تر بردارند. توطئه‌ای که نه‌تنها جان آن‌ها، بلکه سرنوشت کل بشریت را تهدید می‌کند. اعضای تیم، که هر یک شخصیت‌هایی خاکستری و پر از تناقض هستند، به‌تدریج با گذشته‌ی خود، اشتباهاتشان و واقعیت تلخی که سال‌ها از آن فرار کرده‌اند، روبه‌رو می‌شوند. این فصل با فضایی تاریک‌تر، روایت پیچیده‌تر و طراحی بصری منحصربه‌فرد، تصویری جدید از مفاهیم قهرمانی، اخلاق، و مسئولیت ارائه می‌دهد. برخلاف دیگر آثار ابرقهرمانی، در نگهبانان هیچ‌کس کاملاً خوب یا بد نیست؛ بلکه همگی بخشی از سیستمی هستند که فاسد، بی‌رحم و در حال فروپاشی‌ست. در این میان، راز قتل تنها سرآغاز پرده‌برداری از نقشه‌ای جهانی است که شاید در ظاهر نجات‌بخش باشد، اما در واقع به فاجعه‌ای بزرگ‌تر ختم می‌شود. این فصل نه‌تنها نبردی بیرونی میان قدرت‌هاست، بلکه سفری درونی به اعماق روان پیچیده‌ی هر شخصیت است.
در نگهبانان: فصل دوم، گروهی از ابرقهرمانان بازنشسته در آمریکای موازی سال ۱۹۸۵ پس از قتل یکی از اعضای خود، درگیر تحقیق درباره توطئه‌ای بزرگ می‌شوند. این ماجرا آن‌ها را به مواجهه با گذشته، رازهای پنهان و نقشه‌ای جهانی می‌کشاند. داستان با فضای تیره و مفاهیم اخلاقی پیچیده، تفاوتی جدی با آثار سنتی ابرقهرمانی دارد. شخصیت‌ها خاکستری‌اند و مبارزه‌ی آن‌ها هم درونی است و هم بیرونی. این فصل مرز میان نجات و نابودی را به چالش می‌کشد.
